經貿易單一窗口系統發出的電子牌照／許可證不一定載有獲授權簽發人員的簽署及發證機構的印章，惟這些電子牌照／許可證及其打印文本均具有與現時以紙本形式發出的牌照／許可證相同的效力。
已登記的貿易單一窗口用戶可透過下列途徑核實電子牌照／許可證的有效性：
貿易文件適用於核實電子牌照/許可證的有效性
漁農自然護理署
| 文件種類 |
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| 除害劑進出口許可證 |
| 中國內地進口哺乳類動物及進口動物產品許可證 |
| 植物進口證 |
| 海外進口動物及禽鳥特別許可證 |
| 海外進口貓狗特別許可證 |
| 海外進口食用／寵物用爬蟲類動物特別許可證 |
| 犬牙魚進口／出口／再出口許可證 |
土木工程拓展署
| 文件種類 |
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| 香港天然砂進口最終用戶證明書 |
| 搬運沙粒許可證 |
香港海關
| 文件種類 |
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| 受管制化學品進口／出口授權書 |
| 自由貿易協定中轉貨物便利計劃中轉確認書 |
| 非原產於美國凍雞產品經香港轉運內地確認書 |
| 光碟母版及光碟複製品的製作設備許可證 |
| 轉口受管制化學品移走許可證 |
| 光碟母版及光碟複製品的製作設備轉運通知書 |
衞生署
| 文件種類 |
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| 受管制化學品進口／出口授權書 |
| 放射性物質及輻照儀器進口許可證 |
| 中藥材進／出口許可證 |
| 中成藥進／出口許可證 |
| 生物物質進口／轉口許可證 |
環境保護署
| 文件種類 |
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| 消耗臭氧層物質及氫氟碳化物許可證 |
| 受管制化學品許可證 |
通訊事務管理局辦公室
| 文件種類 |
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| 無線電通訊發送器具入口及出口許可證 |
| 無線電通訊發送器具轉運通知書 |
